今年度は何人かの方から脳科学を研究したいという相談を受けました。
脳科学と言いましても、医学系、認知心理学系、生物学系、学際系など
いろいろありますね。

以下に私が発見した東大と慶應の脳科学系の大学院を挙げておきます。

東京大学大学院医学系研究科脳神経医学専攻
東京大学大学院医学系研究科疾患生命工学センター構造生理学部門
東京大学大学院医学系研究科統合生理学分野
東京大学大学院薬学系研究科薬品作用学研究室
東京大学大学院新領域創成科学研究科先端生命科学専攻細胞応答化学分野
東京大学大学院教育学研究科身体教育学コース発達脳科学研究室
東京大学大学院総合文化研究科広域科学専攻相関基礎科学系
東京大学大学院総合文化研究科広域科学専攻生命環境科学系運動適応科学大講座
東京大学大学院総合文化研究科広域科学専攻生命環境科学系認知行動科学大講座
東京大学大学院総合文化研究科広域科学専攻広域システム科学系
東京大学大学院情報学環・学際情報学府総合分析情報学コース
東京大学大学院理学系研究科生物科学専攻脳機能学分野

慶應義塾大学大学院システムデザイン・マネジメント研究科
慶應義塾大学大学院 政策・メディア研究科認知・意味編成モデルと身体スキルプログラム
慶應義塾大学大学院医学研究科解剖学教室神経発生研究分野
慶應義塾大学大学院医学研究科生理学教室神経生理グループ
慶應義塾大学大学院医学研究科生理学教室神経科学グループ
慶應義塾大学大学院医学研究科内科学教室神経内科
慶應義塾大学大学院医学研究科脳神経外科学教室
慶應義塾大学大学院医学研究科精神・神経科学教室

日本脳科学関連学会連合という団体があります。
そこに参加している先生方の所属を検索して、
みなさんの興味に合致する教授がいる大学院を目指すのもいいでしょうね。