東大の文学部と教養学部以外の人文科学系の研究ができる大学院には以下のようなところがあります。弥生キャンパス、柏キャンパスにもありますよ。研究科や専攻の名前が人文科学とかけ離れていても、人文科学系の大学院は意外とあります。
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東京大学大学院教育学研究科
東京大学大学院情報学環・学際情報学府社会情報学専攻
東京大学大学院情報学環・学際情報学府文化・人間情報学専攻
東京大学大学院新領域創成科学研究科社会文化環境学
東京大学大学院医学系研究科公共健康医学専攻
東京大学大学院農学生命科学研究科農業資源・経済学専攻 など